BioPipe 진행사항

466842 BioPipe 진행사항 488643 2008-05-22T01:16:51Z http://hongiiv.springnote.com/pages/466842 2007-09-11T07:40:11Z <h3>http://bangdoll.myid.net/님이 2008년 5월 22일 10시 16분에 보낸 귓속말</h3> <blockquote> 당연히 살아있습니다 ^^; 다만, 학위논문 계획발표가 다음주 수요일이라 반쯤 정신이 나간 채로 일에 매달려 있죠 ㅠㅠ 아마도 다음주 목요일쯤에 밀린 글들 주루룩 읽으면서 행복해 하고 있을 겁니다 :) </blockquote> <h3>http://bangdoll.myid.net/님이 2008년 1월 22일 09시 42분에 보낸 귓속말</h3> <blockquote> 넵 역사적인 첫 귓속말 메세지네요 ㅎㅎ hongiiv 님 좋은하루 되세요 :) </blockquote> <h3>http://terra.myid.net/님이 2008년 1월 21일 22시 51분에 보낸 귓속말</h3> <blockquote> 핸드폰 수신설정을 하면, 문자로도 알려줍니다. 핸드폰번호를 모를때 이용하기 좋은 방법이지요. ^ ^ </blockquote> <h3>http://terra.myid.net/님이 2008년 1월 21일 22시 22분에 보낸 귓속말</h3> <blockquote> 앗! hongiiv님도 귓속말 아시는 군요. ^ ^ </blockquote> <h1>유전체 문제</h1> <ul> <li>1_1 완성</li> <li>1_2 완성</li> <li>1_3 PPI 정보만 추가하면 됨 ^^</li> </ul>   <ul> <li>2_1 완성</li> <li>2_2 완성</li> <li>2_3 마찬가지로 20개만 추출중 문제 발생, EbiWuBlast 작동문제 확인 요청 메일 발송</li> </ul>   <h1>단백체 문제</h1> <ul> <li>1_1 완성</li> <li>1_2 search의 결과중 ; 다음에 있는 gene symbol만을 추출하면 됨</li> <li>1_3 1_2를 끝내고 Ebi Interproscan 수행해야 함</li> <li>1_4 1_3을 끝내고 pathway 정보만 get하면 됨</li> </ul>   <ul> <li>2_1 완성</li> <li>2_2 완성</li> <li>2_3 완성</li> <li>2_4 완성</li> </ul>     <h1>기타사항</h1> KOBIC의 고건환씨가 메일을 보내옴 Support의 연결툴 요청에 현재 2개의 연결툴 요청중 ^^;; wsdbfetch_fetchdata의 결과는 fasta 포맷이고 nucleic_translation_transeq의 입력은 embl 형태라 안된다고 하는데 왜 나는 그냥 될까?? <a href="http://" title="www.ebi.ac.uk/soaplab/emboss4/html/transeq.html" class="external">www.ebi.ac.uk/soaplab/emboss4/html/transeq.html</a> 에서 transeq를 보면 sformat, osformat에 보면 모두 다 지원하는데 default로 하면 그냥 되던데 ^^;; ^^ 질문자가 잘못알고 있었던걸로 판명되었다.   wsdbfetch_fetchdata RefSeq:NM_005700, fasta, raw   OMIM의 search 결과중 라인의 맨 끝부분에 존재하는 gene symbol만을 추출하는 어답터 완료 OMIM_search_TO_seq 어답터의 결과값으로 RefSeq를 얻는 SequenceOME 지금 어답터 확인중에 있습니다. 근데 잘 안돌아 가는거 같기두 하고 ^^    2007/09/12 19:15:28 nucleic_gene_finding_getorf로 찾은 서열을 sort하는 모듈 SortSeqByLen과 원하는 갯수만 추출하는 ExactSeqsAsOrder 모듈 추가 잘 작동하는지 확인중   2007/09/12 19:25:11 원하는 갯수의 서열만 추출하는 ExactSeqsAsOrder 에러 발생    2007/09/13 10:46:49 SortSeqByLen, ExactSeqsAsOrder 에러 해결! 잘 작동됨   2007/09/13 13:08:09 ExactSeqAsOrder가 좀 이상함 EbiWuBlast는 multiple sequence가 가능한지??   2007/09/17 14:35:47 EBI WU-Blast 수행 문제 OMIM_search_TO_seq를 수행하여 genesymbol을 추출하고 seq를 얻기 SequenceOME, convert_GeneSymbol_to_Proteinseq에 넣을때 문제...^^   2007/09/18 13:33:55 multi 입력값인 경우 SequenceOME_file을 사용하라고 했다.  질문 제가 잘못 이해하고 있는건지 아닌지 확인 좀 부탁드립니다. 단백체 1번 문제에 관한 것입니다. OMIM 데이터베이스에서 질병관련 유전자를 search메소드를 이용해서 추출한 후 해당 gene에 대한 단백질 서열을 추출하기 위해서는 convert_genesymbol_to_ProteinRefseq를 통해 해당 단백질의 Ref를 얻은 후 이를 refseq2seq를 통해 해당 Ref에 대한 실제 서열을 얻는것으로 알고 있습니다.   그래서 search의 결과중 gene symbol만을 추출하기 위해 OMIM_search_TO_seq 메소드를 수행하면 여러개의 gene symbol을 얻을 수 있습니다. 문제는 이렇게 얻은 여러개의 gene symbol에서 ref를 얻기 위해 convert_GeneSymbol_to_ProteinRefseq, SequenceOME_file, SequenceOME를 사용하면 되는데, multi 입력값은 sequenceOME_file만 되고 search와 sequeceOME_file는 String 결과와 file input이기 때문에 String2File을 통해 연결하면 될거라고 생각했습니다.   이게 맞는것인지, 맞다면 자꾸 String2File에서 에러가 발생합니다.     답변내용들 >OMIM search의 결과 중 뒷 부분에 있는 genesymbol만을 추출 해 내는 adapter를 OMIM_search_TO_seq 이름으로 설정 해 두었습니다. >그리고 OMIM_search_TO_seq에서 출력 되어지는 multi의 결과 값으로 RefSeq를 얻을 수 있도록 omics/Genome, Task/Retrieve에 SequenceOME이라는 module을 등록 하였습니다. >SequenceOME를 사용 하실때 Taxid input은 설정 해주시기 바랍니다. 그럼 좋은 pipeline 구축 하시기 바랍니다.   >안녕하세요~ convert_GeneSymbol_to_Proteinseq는 하개의 입력값만을 받게 되어 있는 web-services입니다. multi의 입력 값을 필요로 하는 경우 SequenceOME_file을 사용 하시기 바랍니다.   문제에서는 convert_GeneSymbol_to_Proteinseq을 사용하라고 했고,  첫번째 답변에서는 SequenceOME, 두번째는 SequenceOME_file ^^;; 헷갈리네요.. 2007/09/28 10:58:32 마감 ㅋㅋㅋ by http://hongiiv.myid.net/ http://hongiiv.myid.net/ 81