Bioworks 후기

589220 Bioworks 후기 579850 2007-11-19T14:38:07Z http://hongiiv.springnote.com/pages/589220 2007-11-12T12:00:53Z <div id="toc" style="border: 1px solid tan; padding: 2px 10px 0px; background-color: rgb(255, 255, 250);">목차 <hr /> <ol> <li><a href="/pages/589220#toc_0" class="external" title="toc_0">2007년 하반기 국내 Bioinformatics는 뜨거워지고 있다!!#</a> <ol> <li><a href="/pages/589220#toc_1" class="external" title="toc_1">Bioworks, Biopipe는 단순히 새로운 하나의 Bioinformatics 툴인가?#</a></li> <li><a href="/pages/589220#toc_2" class="external" title="toc_2">e-Science의 산물 Bio*#</a></li> <li><a href="/pages/589220#toc_3" class="external" title="toc_3">뭔가 좀 이상하게 흘러가는 국내 Bio e-Science#</a></li> </ol> </li> <li><a href="/pages/589220#toc_4" class="external" title="toc_4">설치에서 구동 화면까지#</a> <ol> <li><a href="/pages/589220#toc_5" class="external" title="toc_5">Bioworks의 시작 그리고 Java WebStart#</a></li> <li><a href="/pages/589220#toc_6" class="external" title="toc_6">회원 가입과 로그인#</a></li> </ol> </li> <li><a href="/pages/589220#toc_7" class="external" title="toc_7">워크플로우 작성 하기전#</a> <ol> <li><a href="/pages/589220#toc_8" class="external" title="toc_8">최소한의 예의는 지켰다. 매뉴얼#</a></li> <li><a href="/pages/589220#toc_9" class="external" title="toc_9">사용 가능한 서비스들은 뭐가 있나요?#</a></li> </ol> </li> <li><a href="/pages/589220#toc_10" class="external" title="toc_10">그럼 서비스들을 연결해서 새로운 기능을 하도록 해보자!#</a> <ol> <li><a href="/pages/589220#toc_11" class="external" title="toc_11">워크플로우 작성시#</a> <ol> <li><a href="/pages/589220#toc_12" class="external" title="toc_12">대용량 데이터에 대한 문제#</a></li> <li><a href="/pages/589220#toc_13" class="external" title="toc_13">사용자 데이터를 선택시 오랜 로딩 타임#</a></li> <li><a href="/pages/589220#toc_14" class="external" title="toc_14">사용자 데이터의 모델 창 입력 가능#</a></li> </ol> </li> </ol> </li> <li><a href="/pages/589220#toc_15" class="external" title="toc_15">테스트 시나리오 작성하기#</a> <ol> <li><a href="/pages/589220#toc_16" class="external" title="toc_16">Taverna로도 풀었고 Biopipe로도 풀었다. 그러면 Bioworks는 #</a></li> </ol> </li> <li><a href="/pages/589220#toc_17" class="external" title="toc_17">내가 생각하는 Beta와 Bioworks가 생각하는 Beta#</a></li> <li><a href="/pages/589220#toc_18" class="external" title="toc_18">현재 그리고 추후 사용자들에 대한 참여 유도#</a></li> </ol> </div> 주의 이글은 두서없고, 지극히 객관적이고, 자극적임을 알려드립니다. 제 지극히 개인적인 생각을 다룬것입니다. 자신의 생각과 다르다고, 제가 생각하는게 틀렸다고 뭐라고 하지 마세요 ^^;;   <h1>2007년 하반기 국내 Bioinformatics는 뜨거워지고 있다!!<a href="/pages/589220#toc_0" class="anchor" title="toc_0" id="toc_0" >#</a><a href="/pages/589220#toc_0" class="anchor" title="toc_0" id="toc_0" >#</a></h1> 2007년 10월 20일 bric에 Bioworks 베타 서비스 이벤트(I)이라는 제목으로 티셔츠를 내걸고 네모칸 맞추기 이벤트가 진행되었다. 생물학 관련 종사자들은 그저 티셔츠에 혹해서 다들 엄청난 참여율을 보였다. 열흘 뒤 Bioworks는 사용자 등록 이벤트와 사용후기를 걸고 또 다시 이벤트를 시작했다. 요즘 IT 업계의 유행처럼 Bioworks 베타라는 이름으로 체험단과 사용자 등록을 끌어내고 있었다.   여기서 우리는 약 한달전으로 거슬러 올라갈 필요성이 있다. 2007년 8월 16일 국가생물자원정보관리센터(KOBIC)에서 Biopipe 베타 경진대회를 실시한다는 내용의 bric 기사이다. 역시 베타라는 이름과 상금을 내걸고 사용자들을 끌어내고 있었다.   대한민국의 Bioinformatics를 이끌고 있다고 해도 과언이 아닌 KISTI(한국과학기술정보연구원)의 CCBB(바이오인포매틱스센터)와 KRIBB(한국생명공학연구원)의 KOBIC(국가생물자원정보관리센터)에서는 서로 이름은 다르지만 비슷한 툴(서비스)을 비슷한 시기에 내놓으면서 사용자들에 그들의 툴을 홍보하기에 바빴다.  도대체 무슨일이 벌어지고 있는것인가? 이건 조금 뒤에 다루기로 하고 우선 뜨거워지고 있다는 것만은 명심하도록 하자.   <h2>Bioworks, Biopipe는 단순히 새로운 하나의 Bioinformatics 툴인가?<a href="/pages/589220#toc_1" class="anchor" title="toc_1" id="toc_1" >#</a><a href="/pages/589220#toc_1" class="anchor" title="toc_1" id="toc_1" >#</a></h2> 어릴적 한창 가지고 놀던 과학상자를 기억하시나요? 부품을 끼워 맞춰 자신이 원하는 대로 작동하는 로봇이나 자동차 따위를 만들 수 있는 커다란 상자,, 맞다 Bioworks나 Biopipe(이하 Bio*, 바이오스타라고 읽는다)는 이러한 과학상자인것이다. 각각의 부품들은 여러분이 통상 사용하던 Blast, Kegg, R, NCBI의 다양한 서비스(툴)이라고 생각하면 된다. 이러한 부품을 끼워 맞춰서 자신이 원하는 기능을 발휘하는 완성품(시나리오, 워크플로우, pipe라고 통상 부른다.)을 만들 수 있도록 해주는 하나의 환경이다. 그런데 이걸 끼워 맞출때 힘드니까 그냥 그림 그리듯이 각각의 부품을 컴퓨터 화면상에 마우스로 끌어다 놓고 서로 연결하고(끼워 맞추면) 만약 맞지 않는다면 두 부품을 연결해주는 새로운 부품을 사서(만들어서) 계속해서 연결하면서 자신이 원하는 시나리오를 만들기만 하면 되는 것이다.   이렇듯 어떠한 일을 수행하는데 필요한 모든 자원을 결합하고 자동화하여 효율적으로 일을 처리하는것을 워크플로우라고 한다. 이때 어떠한 일이라는것이 바로 생물학적인 일이고 자원들은 전 세계에 널리 퍼져있는 생물학관련 데이터베이스나 툴들이 되는것이다.  바로 이러한 것들을 결합하고 자동화 해주는 것이 바로 Bio*가 동일하게 가지고 있는 기능이 되겠다. 그럼 단순히 이러한 자원들을 연결하고 자동화만 하면 끝인건 또 아니다. 이러한 것들과 더불어 여러 사람들이 이러한 정보를 공유하고 이를 기반으로 협업이 가능 하도록 하여 좀 더 많은 부가적인 이익을 얻도록 해야하는 것 또한 Bioworks나 Biopipe의 중요한 기능 중 하나인 것이다.   그럼 제목의 답을 한번 내려보자. Bio*의 기본 기능은 생물학적인 워크플로우의 작성이지만, 이러한 워크플로우를 기반으로 생물학자나 Bioinformatics 연구자 더 나아가서는 모든 과학자들간의 정보를 공유하고 협업을 통해 시간과 공간에 구애받지 않고 연구활동을 할 수 있도록 하는 것이다.   <h2>e-Science의 산물 Bio*<a href="/pages/589220#toc_2" class="anchor" title="toc_2" id="toc_2" >#</a><a href="/pages/589220#toc_2" class="anchor" title="toc_2" id="toc_2" >#</a></h2> e-Science는 그리드(Grid) 기반의 초고속 연구망과 인터넷을 통해 시간과 공간에 구애받지 않고 연구자, 연구장비, 연구정보 등 연구자원을 동시에 활용하는 연구활동을 일컫는 차세대 연구활동의 패러다임을 의미한다. 바로 이러한 e-Science는 국가적인 차원에서 이루어지고 있으며, 바로 이러한 국가 e-Science 사업의 세부 사항 중 하나인 전문분야별 응용환경 구축부분에 해당한다. 이 전문분야별 응용환경 구축에는 1)연구환경구축 및 활용(BT를 비롯한 7개분야), 2)커뮤니티 구성 및 공동연구, 3)공통 S/W 적용 및 검증이 있다.   <h2>뭔가 좀 이상하게 흘러가는 국내 Bio e-Science<a href="/pages/589220#toc_3" class="anchor" title="toc_3" id="toc_3" >#</a><a href="/pages/589220#toc_3" class="anchor" title="toc_3" id="toc_3" >#</a></h2> 이미 KISTI에서는 e-Science를 수행하기 위한 기반을 착실하게(?) 밟아오고 있었다. 기반 기술(미들웨어)과 그 기반 기술위에 BT를 포함한 응용 기술에 이르까지... 그동안 기반 기술을 확보하는데 힘을 기울이고 있었다면 이제는 그 기반 기술을 통해서 실제 BT에서 이러한 기술을 사용해서 e-Science를 수행할 수 있는 응용이 슬슬 나오기 시작한것 중에 하나가 Bioworks라고 알고 있다. (여러가지 과학분야에서도 BT 부분에서의 e-Science가 비교적 활발하게 움직이는 것 같다. Bioworks만 보더라도...)   그런데 여기서 딴지를 걸자면 정말 Bioworks는 KISTI의 이러한 기반 기술들이 필요한 부분에 적절하게 잘 사용되었는가? 라는 의문이 들기도 한다. 그동안 많은 돈을 들여서 e-Scinece의 기반을 닦고 있는 걸로 알고 있다. 그 중에는 물론 workflow 엔진도 포함되어 있는걸로 알고 있는데, 현재 Bioworks를 보고 있자면 ^^;;   그리고 또 한가지 KISTI와 KOBIC 모두 과기부 산하 기관으로 알고 있는데, 비슷한 시기에 비슷한 일을 수행하는 서비스가 나오는가 하는 말이다. 물론 경쟁 상대가 있어야 서로 발전할 수 있는 측면도 있지만, KISTI의 기반 기술을 가지고 KOBIC에서 그 응용을 만드는 것이 더 훨씬 보기 좋은 모습은 아닐까라는 생각을 혼자 해보게 된다.   추후에라도 Bio* 서비스들은 생물학자나 Bioinformatics를 연구하는 사람들에게 혼동을 줄이고, 많은 참여를 유도하고, 정말로 사용자 즉 국민을 위한다면 뭔가의 특단의 조치가 필요할 것 같다는 생각이 든다.   <h1>설치에서 구동 화면까지<a href="/pages/589220#toc_4" class="anchor" title="toc_4" id="toc_4" >#</a><a href="/pages/589220#toc_4" class="anchor" title="toc_4" id="toc_4" >#</a></h1> <h2>Bioworks의 시작 그리고 Java WebStart<a href="/pages/589220#toc_5" class="anchor" title="toc_5" id="toc_5" >#</a><a href="/pages/589220#toc_5" class="anchor" title="toc_5" id="toc_5" >#</a></h2> Bioworks는 Biopipe와는 달리 웹 브라저 환경이 아닌 일반적인 어플리케이션의 형태를 하고 있다. 좀 자세히 말한다면 Java 어플리케이션의 형태를 띠고 있다. 이는 사용자가 다운로드하고 이를 실행해야 한다는 의미이다.   그런데 문제는 이것이 베타 버전이라는 점이다. 따라서 기능이 수시로 변하게 되면 그 때마다 사용자는 새로운 버전을 다운로드하고 실행해야 한다는 단점이 발생한다. 이러한 번거로움을 없애기 위해서 KISTI에서는  Java WebStart라는 기술을 이용해서 이러한 단점을 극복하려 했는데,,, 이는 오히려 생물학자들에게 혼란을 줄 수 있는 소지가 많이 있다(JRE가 설치된건 뭐고 미설치는 뭔지). 실제로도 QnA를 보면 설치 부분에서 사용자들의 애로사항을 볼 수 있다. 이것은 베타 버전을 뗀 후에는 패키지 형태(인스톨 화면 멋지게 해서)나 기타 다른 방법을 써서 꼭 해결해야 할 부분이다.   게시판에 올라오는 저 무수한 설치(Bioworks를 실행하기전까지의...)시 생기는 문제점에 대한 질문들. 생물학자들을 너무 우습게 봤다. 그들은 마우스 하나도 제대로 가누지 못한단 말이다.(이건 생물학자들을 비하하거나 그런 의도가 아님니다. Bioworks의 배포형태를 사람들이 많이 다뤄본 형태로 바꾸라는 의미에서 즉 사용자의 편의를 생각하라는 의미에서 이런 비유를 한것임을 알려드립니다. 부디 오해가 없기를...)   <h2>회원 가입과 로그인<a href="/pages/589220#toc_6" class="anchor" title="toc_6" id="toc_6" >#</a><a href="/pages/589220#toc_6" class="anchor" title="toc_6" id="toc_6" >#</a></h2> 사람들은 회원가입하면 으례 웹페이지에다가 주소 넣고 주민번호 넣구 실명인증하고 이러한 복잡한 프로세스에 익숙해져있다. 근데 이건 Bioworks를 실행하고 회원가입도 하고 로그인도 한다. 너무 웹페이지에 익숙한 우리들 차라리 홈페이지에서 회원가입하고 로그인하면 Bioworks에서도 자동으로 로그인 되어 있으면 좋으련만,,, 그리고 로그인 안하면 아무짓도 못한다. 일부러 친절하게 demo 유저도 만들어 주셨지만, 로그인하지 않아도 실행할 수 있는 환경은 안된단 말인가??(이부분의 QnA 부분에서 로컬에서도 자신의 데이터를 저장할 수 있도록 추후 기능 개선이 이루어지면 어느정도 가능할 거라고 생각된다.)   로그인 안하게 할 수도 없는 노릇이고, 번거로운건 어쩔 수 없고, 내 데이터 서버에 올리긴 싫고, 난 그냥 요거 하나만 가끔씩 돌려보는데 굳이 로그인 하고 싶지 않은데... 사용자들은 호락호락하지 않다. 더군다나 생물학자들을 뭘로 보고 내 데이터를 서버에 올리라고!!!   회원가입과 로그인에서 OpenId와의 결합이나 KISTI의 SSO를 통한 통합인증등이 고려되었으면 어땠을까?라는 생각을 해본다.   <h1>워크플로우 작성 하기전<a href="/pages/589220#toc_7" class="anchor" title="toc_7" id="toc_7" >#</a><a href="/pages/589220#toc_7" class="anchor" title="toc_7" id="toc_7" >#</a></h1> <h2>최소한의 예의는 지켰다. 매뉴얼<a href="/pages/589220#toc_8" class="anchor" title="toc_8" id="toc_8" >#</a><a href="/pages/589220#toc_8" class="anchor" title="toc_8" id="toc_8" >#</a></h2> 로 그인도 끝냈고 실행 화면을 살펴보기 전에 매뉴얼 좀 봐야겠다. 하나는 Blast 예제, 또다른 예제는 Primer design 이 두 개는 친절하게 설명이 나온다. 지나가는 초등학생들도 이 설명을 보면 뚝딱 워크플로우를 그릴 수 있을 정도로...   그런데 여기서 Primer design 부분은 소리만 나오고 화면은 나오지 않는 현상이 발생했다. 역시나 코덱이 없어서 그런것이란다. 코덱 설치하면 된다고 한다. 요즘 naver, 다음, 구글에서 다양한 형태로 동영상 서비스를 제공하고 있다. 별다른 설정없이 잘 나온다. 사용자를 위한 작은 배려 이 부분도 놓치지 않았으면 한다. 요즘 사용자들 눈 꽤 높아졌다.   <h2>사용 가능한 서비스들은 뭐가 있나요?<a href="/pages/589220#toc_9" class="anchor" title="toc_9" id="toc_9" >#</a><a href="/pages/589220#toc_9" class="anchor" title="toc_9" id="toc_9" >#</a></h2> 자 이젠 매뉴얼을 통해서 배운건 그냥 넘어가고 그 외에 어떠한 것들을 할 수 있는지 우선 사용 Bioworks에서 제공하는 과학상자 부품(Bioworks에서는 Service, Biopipe에서는 모듈, Taverna에서는 process 라고 부른다.)을 한번 둘러 보기로 했다. 총 4개의 분류 카테고리(Alignment, DNA Analysis, Protein Analysis, Utils) 누가 보더라도 간단 명료하게 이름만 봐도 어떠한 것들이 그 카테고리 안에 들어있는 감 잡을 수 있도록 잘 분류해 놓았다. 그런데 그 많은 생물학 데이터베이스와 툴들은 딸랑 4개의 카테고리안에 다 집어 넣었단 말인가??   여기서 더욱더 문제는 그 안의 서비스들에 대한 그 어떠한 설명의 글도 찾을 수 없다. 도대체 이름만 봐서는 뭐하는 것인지,,, 아니 해당 서비스를 워크플로우 편집창에 드래그 한 후 그 속성을 보면 description 부분에 해당 서비스에 대한 설명이 나온다. 그런데,,, 잘못된 것도 있고 아무래도 이것만으로는 설명이 부족하다.   이부분은 화요일까지 설명이 올라온다고 했으니 일단 pass!!!   <h1>그럼 서비스들을 연결해서 새로운 기능을 하도록 해보자!<a href="/pages/589220#toc_10" class="anchor" title="toc_10" id="toc_10" >#</a><a href="/pages/589220#toc_10" class="anchor" title="toc_10" id="toc_10" >#</a></h1> 우선 당장 테스트 할겸 Bioworks에서 제공하는 워크플로우 예제(시나리오 예제)에 대해서 살펴 보자. 현재 홈페이지에서 찾을 수 있는 테스트 가능한 시나리오는 2가지로 다음과 같다.   첫번째 시나리오는 그토록 사용자들이 안보인다는 문의가 많은(그놈의 코덱이 뭔지...) primer design 예제이다.  이 예제에서는 총 3개의 서비스를 사용하고 있는데, <ul> <li>fetchSeqs(Utils의)</li> <li>eprimer3(DNA Analysis>Primers의)</li> <li>remap(DNA Analysis>Restriction의)</li> <li>extractseq(Utils의)</li> </ul> 이 시나리오는 fetchSeqs를 통해 자신이 원하는 DNA 서열을 얻어서 primer를 만들고(끝), 또 그 서열을 가지고 restriction site를 찾고, 또 그 서열에서 원하는 부분만 추출해내고는 끝인다.   두번째 시나리오는 설치 예제와 같이 나오는 것으로 이 예제에서는 다음과 같은 서비스를 사용하고 있다. <ul> <li>blastn(Alignment>Local Alignment의)</li> <li>getACCfromBlast(Utils의)</li> <li>fetchSeqs(Utils의)</li> <li>clustalw(Alignment>Multiple Alignment의)</li> </ul> 이 시나리오는 입력한 염기 서열에 대해 blastn을 수행하고 그 결과 중 accession number만을 추출한다. 이렇게 추출된 accession number를 가지고 해당 서열을 다시 얻어와서 이 서열들에 대해서 clustalw 결과를 최종적으로 보여준다.   이번 시나리오는 4단계에 걸쳐서 입력과 출력을 서로 연결하고 있다. 이것이 가능한 것은 blast의 결과 중 accession number만을 추출하는 getACCfromBlast를 통해서 가능하다.   그런데 문제는 아무리 생각해봐도 예제로 보여준 시나리오 외에는 이 서비스들로 어떠한 시나리오를 만들 수 있느냐는 것이다. 그럼 대안은 기존의 Biopipe의 경진대회에 나온 문제를 풀어 보는 수 밖에...   <h2>워크플로우 작성시<a href="/pages/589220#toc_11" class="anchor" title="toc_11" id="toc_11" >#</a><a href="/pages/589220#toc_11" class="anchor" title="toc_11" id="toc_11" >#</a></h2> <h3>대용량 데이터에 대한 문제<a href="/pages/589220#toc_12" class="anchor" title="toc_12" id="toc_12" >#</a><a href="/pages/589220#toc_12" class="anchor" title="toc_12" id="toc_12" >#</a></h3> KISTI에서도 언급했듯이 KISTI의 네트워크와 슈퍼컴퓨팅 리소스에 대한 사용은 사람들이 뭔가를 기대하게 만든다. 그렇다면 내가 가진 대용량의 데이터도 빠르게 처리되겠구나하는 생각이다.   바 로 이런생각에서 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/est_human.00.tar.gz의 약 1GB 짜리 파일을 내 데이터로 가져와 보기로 했다. 요즘 영화 한편정도의 크기이다. Add User Data의 From URL을 통해서 ftp를 입력했으나 가져오지 못함. 그럼 http만을 지원하는지 다시 http://bio-mirror.mirror.ac.za/blast/est_human.00.tar.gz를 입력...(당연히 내 로컬이 아닌 KISTI의 서버에서 고속의 네트워크를 통해 다운로드 하겠지라는 생각으로 기다림. 설마 텍스트 데이터가 아니라서 그런가? 순식간에 다운받아서 검증해보니 바이너리 파일이라서~~ 오후 11시정도에 다운로드 시작했으니 걸고 집에 가야겠다.   외 부 URL이나 자신의 로컬 파일을 자신의 서버 공간에 업로드 할 경우 업로드 상황을 볼 수 있도록 하던가, 아니면 Background로 돌리던가?(URL을 통한 다운로드는 클라이언트가 아닌 서버에서 이루어지는까 충분히 가능하리라 본다.) 아니면 다른 방법 ftp, sftp 등을 통한 업로드를 가능하게 하던가? 무슨 대안이 있어야 할 것 같다. 이게 Bioworks가 가진 큰 장점 중에 하나가 아닌가? 서버를 통한 자신의 데이터 관리. 추후 결과물로 10GB 짜리 결과가 생성된 경우 다운로드할 때도 마찬가지로 뭔가 다운로드 상황이나 Bioworks를 통하지 않고 다른 제 3의 방법을 통한 접근이 가능했으면 한다.   또한 업로드된 파일에 대해서 간단한 zip, tar, gunzip 파일들에 대해서 압축해제 옵션 같은것도 URL을 통한 다운로드는 해당 생물학 데이터들이 압축된 형태로 제공되는것이 많으니 URL을 통해 압축된 파일을 받아서 그걸 풀어주는 기능도...   바이너리 파일이 아닌 2GB 용량의 nr DNA 서열을 로컬파일에서 선택해서 업로드 - 실패!! 200MB 용량의 swiss-prot Protein 서열 업로드 - 실패   <h3>사용자 데이터를 선택시 오랜 로딩 타임<a href="/pages/589220#toc_13" class="anchor" title="toc_13" id="toc_13" >#</a><a href="/pages/589220#toc_13" class="anchor" title="toc_13" id="toc_13" >#</a></h3> User Data를 선택한 경우 폴더 별로 관리를 할 수 있는데, 기본적으로 폴더의 내용이 펼쳐져 있지 않다. 클릭을 한 후 한참의 시간이 지나서야 폴더의 내용이 보인다. 이것은 해당 서비스를 모델링창에 놓고 속성을 설정한 후 inputdml values를 클릭하는데 오랜시간 그 후 user data 선택시에도 마찬가지로 폴더를 펼치는데 너무 많은 시간이 걸린다.   <h3>사용자 데이터의 모델 창 입력 가능<a href="/pages/589220#toc_14" class="anchor" title="toc_14" id="toc_14" >#</a><a href="/pages/589220#toc_14" class="anchor" title="toc_14" id="toc_14" >#</a></h3> 사용자 데이터는 워크플로 작성에 있어서 실제 모델링 창 부분에서는 그래픽으로 표현되지 않고 어떠한 서비스의 input data로만 사용된다. 사용자 데이터도 모델링 창에 넣을 수 있게 하여 하나의 사용자 데이터가 여러 서비스의 입력으로 쓰일 경우 한번만 사용자 데이터를 모델창에 넣어 두면 단순히 연결만 해서 사용하게 될 수 있을 것 같다.   <img class="attachment" title="2025478733_9f0c8eb0b6_o.gif" src="/pages/589220/attachments/262118" alt="2025478733_9f0c8eb0b6_o.gif" />   <h3>기타 기능</h3> 위에서 3가지 정도 Bioworks를 로그인 후 사용하면서의 개선점(문제점)에 대해서 언급했는 이러다가는 끝이 없을 것 같다. 그래서 기타 기능으로 묶어서 전반적인 큰 내용을 언급하고자 한다.   아직 워크플로우로서의 기능이 아주 미약하다. 지금까지의 기능으로서는 별로 할 수 있는 일이 없다고 해도 과언이 아니다. 이러한 상황에서 이러한 기능 추가해 주세요. 저러한 기능 추가해주세요 라고 말하기도 그런것이 왠만한 기능은 다 추후에 제공될 기능들이라는 것이다. 사용시 불편한점이나 버그를 받기는에는 많이 모자란다는 것이 내 생각이다.   그러나 여기서 다른 Bio*나 taverna와 다른 뭔가가 꼭 필요하다는 것이다. 단순히 사용자 데이터를 서버에 저장된다는 말도 안되는 기능적인 면 말고,,, KISTI의 이름에 맞도록 대용량 처리 부분에서 특화된 어떠한 것이 필요하다는 것이다.   우선 생각해 볼 수 있는 것이(나도 잘 모르기 때문에 대충 알아서 들었으면 한다.) <ul> <li>긴 작업 시간이 소요되는 워크플로우에 대한 배려(2~3일 동안 워크플로우 실행 화면만 보고 있을 수 만은 없지 않은가???)</li> <li>아까도 언급했듯이 대용량 사용자 데이터에 대한 배려, 또는 대용량의 처리 결과에 대한 어떠한 대책</li> <li>중간 모듈에서의 iteration에 대한 대책(blast를 여러번 돌려야한다던가 할때)</li> <li>워크플로우에 자체에 대해서 루프 기능(똑같은 워크플로우인데, 변수명만 다르게 해서 100번을 돌려야 하는 경우)</li> <li>비슷한 내용인데, 모듈이나 전체 워크플로우 또는 특정 부분에서 병렬처리</li> </ul>   이러한 부분에서 기능이 특화 된다면 충분히 가능성이 있을거라고 생각된다. 앞으로 추가한다던 기능은 홈페이지를 통해서 대충 언제쯤 되는지 어떻게 진행되고 있는지 확실하게 사용자들에게 알려주고, 그리고 추가한더던 기능들은 정말 핵심적인 것으로 이기능들이 없으면 Bioworks라고 할 수 없다. 따라서 빠른 시일안에 만들어야 할것 같다. 괜히 쓸데없는 공모전 같은것 보단 현재 진행되고 있는 상황을 사용자에게 확실하게 보고해 주는것이 오히려 Bioworks를 더 알리고 많은 사람들의 참여를 이끌어 낼 수 있다고 생각한다.   <h1>테스트 시나리오 작성하기<a href="/pages/589220#toc_15" class="anchor" title="toc_15" id="toc_15" >#</a><a href="/pages/589220#toc_15" class="anchor" title="toc_15" id="toc_15" >#</a></h1> <h2>Taverna로도 풀었고 Biopipe로도 풀었다. 그러면 Bioworks는 <a href="/pages/589220#toc_16" class="anchor" title="toc_16" id="toc_16" >#</a><a href="/pages/589220#toc_16" class="anchor" title="toc_16" id="toc_16" >#</a></h2> 문제 해결 불가능....^^   <h1>내가 생각하는 Beta와 Bioworks가 생각하는 Beta<a href="/pages/589220#toc_17" class="anchor" title="toc_17" id="toc_17" >#</a><a href="/pages/589220#toc_17" class="anchor" title="toc_17" id="toc_17" >#</a></h1> QnA를 보면 2009년도에 완성되는 프로젝트라는 말과 함께 욕먹을 각오하고 사용자에 대한 의견을 수렴하고자 이러한 Beta 서비스와 함께 이벤트들을 진행한다는 말이 있다. 물론 그렇다면 욕먹어야지, Beta도 엄연히 사용자들에게 나온 서비스이다. 그리고 어느 정도의 기능적인 부분은 대부분 갖추고 또한 Beta 특성상 사용자들의 요구를 잘 받을 수 있는 환경이 갖추어져 있어야 한다.   그런데 Bioworks는 이런 Beta라는 의미를 조금은 다르게 갖고 있는 듯 하다. 너무 부족한면이 많은데 너무 이르게 사용자들에게 나온것 같다는 생각이든다. 이러다가는 오히려 역효과가 나올것 같다는 생각이든다.   한마디로 기능도 하나도 갖추고 있지 않은데(한글에서 글 쓰기 기능만 되는데 이걸 가지고 후기를 작성하라는 것과 별반 다를게 없다.) 뭘 어떻게 해야하는가? 라는 생각이든다. 그래 그러면 이러한 것은 이렇게 이렇게 될 것이고, 이부분은 이렇게 할려고 하는데 어떻게 생각하십니까??라는 계획이라도 잘 보여주던가? 그냥 Features의 내용만 가지고는 부족하다.   차라리 별 기능이 없다는 좀더 자세한 이러 이러한 기능을 추가할 텐데 어떤가요??? 라는 의견 수렴의 창구라도 되어서 향후 Bioworks에 반영되도록 하던가??? 도대체 어떠한 불편한점, 버그, 개선점, 사용방법을 얻으려고 하는건지 모르겠단 말이다.   여러분들이 작성된 사용 후기는 다음과 같이 활용됩니다 <ul> <li>사용 시 불편한 점에 대한 모니터링 자료</li> <li>프로그램 버그 체크</li> <li>개선점에 대한 피드백 자료</li> <li>타 사용자들을 위한 사용 방법 가이드</li> </ul>   과연 이러한 피드백을 20명에 대해서만 얻어야 하는것인가? 또한 의문이다. 보다 전문적이고 구체적인 피드백을 20명의 체험단을 통해 얻는 것도 중요하지만, 20명의 체험단에 속하지 못한 사람들의 피드백은? 물론 관심만 있다면야 QnA를 통해서도 얻겠지만, 조금은 다른 방법을 사용했다면 어땠을까? 라는 생각을 해본다. 앞으로도 계속적으로 기능이 개선될 테고 이러한 기능에 대한 버그나 개선점들이 필요할텐데... 우선은 사용자들에게 Bioworks를 인식시키는 것이 이번 이벤트의 목적인가?   <h1>현재 그리고 추후 사용자들에 대한 참여 유도<a href="/pages/589220#toc_18" class="anchor" title="toc_18" id="toc_18" >#</a><a href="/pages/589220#toc_18" class="anchor" title="toc_18" id="toc_18" >#</a></h1> 현재 국내외적으로 코드페스트, 개발자의 밤(dev night), 개발자의 낮(dev day)등의 제목으로 공통의 관심사를 가진 사람들이 하루 밤 또는 하루 낮 또는 2-3일 정도 모여 서로 자신의 아이디를 내고 그 아이디어를 만들어가는 행사를 종종 보게 된다. 좀 더 친밀한 분위기 속에서 자신과 같은 관심사를 가진 사람들이 모여서 이러한 시간을 갖는다는 것은 참으로 어려우면서도 유익한 시간이 될 수 있다.   물론 학회나 포럼, 컨퍼런스와는 다른 분위기와 효과를 얻을 수 있다. 다음은 제가 google groups의 바이오커뮤니티에도 올렸던 내용입니다. 이러한 행사를 매년, 아니 매 분기마다 갖고 대학생들이나 대학원생의 참여를 이끌어 낸 다면 당장은 아니지만 몇년 후에는 정말 우리에게 Bio*들은 필요한 존재로 자리매김 할 것이라고 생각된다.         http://hongiiv.myid.net/ http://hongiiv.myid.net/ 448